No Ano de 1989 é criada a Escola C+S de Caxarias, através da portaria nº 823/89 publicada no Diário da República nº 214 de 16/09/1989, tendo entrado em funcionamento no ano lectivo 90/91 e sendo inaugurada no dia 4 de Julho de 1991 por Sua Exa. o Sr. Secretário de Estado Dr. José Augusto Perestrelo de Alarcão Troni. A 27 de Abril de 1995, pelo despacho nº 52/SSEAM/95 passou a denominar-se Escola Básica do 2º e 3º Ciclo do Ensino Cónego Dr. Manuel Lopes Perdigão. Esta denominação surge por proposta do Conselho Executivo com parecer favorável do Conselho Pedagógico em homenagem ao Cónego Manuel Lopes Perdigão, benemérito da Escola pela doação de parte do seu espólio pessoal.
No ano lectivo de 1998/99, por Despacho do Sr. Director Regional, Dr. António Sardinha, de 20/04/1998, a Escola torna-se sede de um Agrupamento Vertical de Escolas de acordo com o estipulado no novo regime de Autonomia, Administração e Gestão dos Estabelecimentos de Educação Pré-Escolar e dos Ensinos Básico e Secundário (Dec. Lei nº 115A/98). Em 2002, pelo aviso nº 4692/2002, publicado em Diário da República, adota a denominação atual de Agrupamento de Escolas Cónego Dr. Manuel Lopes Perdigão.
O Agrupamento desenvolveu-se pelo extremo norte do concelho de Ourém e respetivas freguesias: Caxarias, Rio de Couros, Espite, Casal dos Bernardos e Urqueira, com uma área de cerca de 120 Km2. Envolve atualmente 9 escolas do 1º Ciclo e 9 Jardins de Infância. A população escolar de cerca de 700 alunos, tem-se mantido estável, embora com algum decréscimo, ao longo dos anos.